商标行政复议就是上述向国家知识产权局复议的情形。商标行政复议案件是指公民、法人和其他组织认为，国家知识产权局在商标注册、变更、转让、续展、补发注册证、注销、撤销、异议、复审、无效等程序中作出的具体行政行为侵犯其合法权益，向国家知识产权局提起的行政复议，即商标授权确权类行政行为中的商标注册程序性争议行政复议案件。
商标行政复议的申请人是行政行为的相对人及其他与行政行为有利害关系的公民、法人和其他组织。申请期限是申请人自知道该具体行政行为之日起60日内。关于复议的机构，2019年开始，商标局应诉复议处承担商标案件的行政复议具体工作。
行政复议法规定了书面申请、口头申请两种方式，行政复议法实施条例规定了书面申请可以采取直接递交、邮寄、传真等方式，实践中，商标行政复议一般采取直接递交或邮寄的书面申请方式。邮寄递交的，应寄商标局，并在信封上载明“转应诉复议处”。
对于行政复议申请材料不齐全或者表述不清楚的，商标局应当自收到材料之日起5个工作日内制发《补正行政复议申请通知书》，通知书中应当载明需要补正的事项和合理的补正期限。申请人无正当理由逾期不补正的，视为放弃行政复议申请，应当制发《视为放弃行政复议申请通知书》。补正申请材料所用时间不计入行政复议审理期限。
对于符合受理条件的行政复议，商标局予以受理，否则决定不予受理，并制发《不予受理行政复议申请决定书》。
关于商标行政复议的答复，商标局应当自行政复议申请受理之日起7日内，书面通知被申请人答复，并附送行政复议申请书副本或者行政复议申请笔录复印件和申请人提交的其他材料。被申请人应当自收到答复通知之日起10日内，提出书面答复，并提交当初作出具体行政行为的证据、依据和其他有关材料。
商标行政复议的审理原则上采取书面审查的办法，申请人提出要求或者商标局认为有必要时，可以向有关组织和人员调查情况或听取申请人、被申请人和第三人的意见。
商标行政复议审理的对象通常是具体行政行为的合法性、合理性。审理期限应当自受理行政复议申请之日起60日内。对于情况复杂、需要延长行政复议案件审理期限的，应当制发《延期审理通知书》，期限则多延长30日。
根据行政复议法实施条例规定，申请人要求撤回行政复议申请，商标局准予撤回的，行政复议终止，并制发《行政复议终止决定书》；受理行政复议申请后，发现该申请不符合受理条件，应当决定驳回行政复议申请。根据行政复议法规定，具体行政行为认定事实清楚，证据确凿，适用依据正确，程序合法，内容适当的，应当决定维持；具体行政行为认定主要事实不清、证据不足、适用依据错误、违反法定程序或具体行政行为明显不当等，应当决定撤销、变更；对行政复议决定不服的，公民、法人或其他组织可以在收到复议决定书之日起15日内提起行政诉讼，商标行政复议诉讼案件的管辖法院为北京知识产权法院。